|
|
Influence of a composition of hybridization mixtures on fluorescence intensity during the in-situ hybridization
Janíček, Tomáš ; Kejík, Lukáš (referee) ; Vojtěch,, Hudzieczek (advisor)
Fluorescenční in situ hybridizace (FISH) je široce používaná metoda pro detekci určité sekvence DNA na chromozomech. Cílem práce je porovnání tří různých chemických sloučenin (formamidu, ethylenkarbonátu a sodných kationtů) používaných ve směsích pro in situ hybridizaci. Složení těchto směsí ovlivňuje renaturaci DNA a je důležité porovnat jejich fyzikální vlastnosti. Práce je rozdělena do dvou hlavních částí. První část se zabývá otázkou termodynamických parametrů používaných pro experimenty FISH, jako je teplota tání, entalpie přechodu DNA ze dvoušroubovice na vlákno nám dává přehled o energii potřebné k tomto přechodu a interakcích mezi bázemi a každou složkou směsi. Kromě toho hodnoty entropie určují poř uvnitř směsi - systém DNA. Druhá část porovnává intenzitu fluorescenčního signálu při optimalizovaných teplotách tání sondy použité pro in situ hybridizaci. Jako sonda byla použita sub-telomerní repetice X43.1, která je umístěna na Y chromozomu rostlinného modelového organismu Silene latifolia. Směs obsahující formamid má nejlepší výkon při delším postupu hybridizace, zatímco ethylenkarbonát poskytuje vyšší intenzitu signálu, a proto je vhodnější pro rychlé FISH protokoly.
|
|
|
Measuring of conformational properties of nucleic acids
Hrazdilová, Ivana ; Renčiuk,, Daniel (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor)
This thesis gives a brief characteristic of the most important conformations of nucleic acids. It describes alternative conformations that are different from canonical B-DNA helix, such as A-DNA, Z-DNA, triplex structures, or guanine and cytozin quadruplex structures. In the next part it presents most common methods used for determing secondary structure of nucleic acids, which are nuclear magnetic resonance (NMR), measurement of circular dichroism (CD), X-ray diffraction, computational methods, measurements of ultraviolet absorbance and its utilization for analysis of thermal melting curves. In MATLAB was created algorithm with graphical user interface, which analyze melting curves and graphically computes thermodynamic parameters, which are melting temperature and transition enthalpy, which defines stability of examined sample.
|
|
|
Bacterial genotyping based on the oligonucleotide melting temperature
Šandová, Hana ; Škutková, Helena (referee) ; Nykrýnová, Markéta (advisor)
This bachelor’s thesis deals with genotyping based on the oligonucleotide melting temperatures. In the theoretical part, DNA, typing, experimental and theoretical genotyping methods are described. The practical part of the thesis deals with a program that is designed to calculate the melting temperatures of sequences based on different methods, and the graphical user interface was created. In the following part, the measured melting temperatures of bacterial isolates of Klebsiella pneumoniae are compared to the theoretically calculated melting temperatures. In the last part of the thesis, the possibility of genotyping using cluster analysis based on the theoretical melting temperatures is explored.
|
|
|
Bacterial genotyping based on the oligonucleotide melting temperature
Šandová, Hana ; Škutková, Helena (referee) ; Nykrýnová, Markéta (advisor)
This bachelor’s thesis deals with genotyping based on the oligonucleotide melting temperatures. In the theoretical part, DNA, typing, experimental and theoretical genotyping methods are described. The practical part of the thesis deals with a program that is designed to calculate the melting temperatures of sequences based on different methods, and the graphical user interface was created. In the following part, the measured melting temperatures of bacterial isolates of Klebsiella pneumoniae are compared to the theoretically calculated melting temperatures. In the last part of the thesis, the possibility of genotyping using cluster analysis based on the theoretical melting temperatures is explored.
|
|
|
Influence of a composition of hybridization mixtures on fluorescence intensity during the in-situ hybridization
Janíček, Tomáš ; Kejík, Lukáš (referee) ; Vojtěch,, Hudzieczek (advisor)
Fluorescenční in situ hybridizace (FISH) je široce používaná metoda pro detekci určité sekvence DNA na chromozomech. Cílem práce je porovnání tří různých chemických sloučenin (formamidu, ethylenkarbonátu a sodných kationtů) používaných ve směsích pro in situ hybridizaci. Složení těchto směsí ovlivňuje renaturaci DNA a je důležité porovnat jejich fyzikální vlastnosti. Práce je rozdělena do dvou hlavních částí. První část se zabývá otázkou termodynamických parametrů používaných pro experimenty FISH, jako je teplota tání, entalpie přechodu DNA ze dvoušroubovice na vlákno nám dává přehled o energii potřebné k tomto přechodu a interakcích mezi bázemi a každou složkou směsi. Kromě toho hodnoty entropie určují poř uvnitř směsi - systém DNA. Druhá část porovnává intenzitu fluorescenčního signálu při optimalizovaných teplotách tání sondy použité pro in situ hybridizaci. Jako sonda byla použita sub-telomerní repetice X43.1, která je umístěna na Y chromozomu rostlinného modelového organismu Silene latifolia. Směs obsahující formamid má nejlepší výkon při delším postupu hybridizace, zatímco ethylenkarbonát poskytuje vyšší intenzitu signálu, a proto je vhodnější pro rychlé FISH protokoly.
|
|
|
Measuring of conformational properties of nucleic acids
Hrazdilová, Ivana ; Renčiuk,, Daniel (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor)
This thesis gives a brief characteristic of the most important conformations of nucleic acids. It describes alternative conformations that are different from canonical B-DNA helix, such as A-DNA, Z-DNA, triplex structures, or guanine and cytozin quadruplex structures. In the next part it presents most common methods used for determing secondary structure of nucleic acids, which are nuclear magnetic resonance (NMR), measurement of circular dichroism (CD), X-ray diffraction, computational methods, measurements of ultraviolet absorbance and its utilization for analysis of thermal melting curves. In MATLAB was created algorithm with graphical user interface, which analyze melting curves and graphically computes thermodynamic parameters, which are melting temperature and transition enthalpy, which defines stability of examined sample.
|
guest ::
